https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.02.16.528799v2.full.pdf

此工作为阪大的蛋白质研究所成果，刚从Baker组回来的Koga也在这里吧

模型概述

在Concat前做了一次Cross Attention

复现测试部分

Mcpas_test上复现：

修改了输出文件地址

python
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# Update output filepath to D drive
output_dir = "D:/TCRPrediction_outputs"
if not os.path.exists(output_dir):
    os.makedirs(output_dir)

base_name = pathlib.Path(args.input_filepath).stem
output_ext = pathlib.Path(args.input_filepath).suffix
output_filepath = os.path.join(output_dir, f"{base_name}_{args.model_key}{output_ext}")

修改checkpoints读取

python
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ckptpath = "C:/Users/LENOVO/Desktop/TCRPrediction-main/checkpoint/20230826_035401/best_20230826_035401_checkpoint_47_xent=-0.0421.pt"
print("check point path =", ckptpath)

结果：

Vdjdb_no10x上复现：

结果：

recent_data_test上复现：

结果：